Nachdem August Liedmeier 1958 als neuer Pfarrer in Horneburg Einzug gehalten hatte, gab er relativ schnell Impulse für die Errichtung einer neuen größeren Pfarrkirche. Verbürgt ist, dass er nach einer Ortsbesichtigung vor Amtsantritt zu seiner Haushälterin gesagt haben soll: „Das Pfarrhaus ist ja größer als die Kirche.“
So wurde dann von 1963 bis 1965 die neue Pfarrkirche erbaut. Ihr Grundstein, am Haupteingang, wurde am 15. März 1964 gelegt. Er trägt die Inschrift: "Jesus Christus – Der Grundstein. 1964. Wir sind die Mitbürger der Heiligen und die Hausgenossen Gottes."
Dies geht auf Eph 2,19f zurück: "So seid ihr nun nicht mehr Gäste und Fremdlinge, sondern Mitbürger der Heiligen und Hausgenossen Gottes, erbaut auf dem Grund der Apostel und Propheten, da Jesus Christus der Eckstein ist." Zu vergleichen ist auch 1 Kor 3,11: "Einen anderen Grund kann niemand legen als den, der gelegt ist: Jesus Christus".
Den Plan der Kirche hat der Architekt Albert Franz Brenninkmeyer aus Westerkappeln bei Osnabrück, Haus Langenbrück, entworfen. Die Bauunternehmung Wilhelm Dericks aus Waltrop hat die Erd-, Maurer- und Stahlbetonarbeiten ausgeführt. Die Kirche hat die Form eines Zeltes. Dies weist hin auf das Zelt der Begegnung (Lev 1,1), in dem Gott sich den Menschen offenbart, aber auch darauf, dass wir Pilger sind, unterwegs zur himmlischen Heimat (Phil 3,20).
Die Schutzheilige der Pfarre und Patronin der Kirche bleibt die heilige Büßerin Maria Magdalena. Voller Zuversicht kommt zu ihr die Bitte, dass das neue Gotteshaus für alle Pfarrkinder ein Ort der Auferstehung zum Leben der Gnade und ein Abbild der feiernden Gemeinde im Himmel sei.
Bei der Altarweihe am 27. Juni 1965 legte Bischof Heinrich Tenhumberg Reliquien des hl. Viktor, des hl. Nicostratus und der hl. Pretiosa unter die Altarplatte. An fünf Stellen salbte er den Altar mit hl. Öl. An diesen Stellen entzündete er aus Wachs und Weihrauch ein Feuer, das den Altar zum Zeichen der Gegenwart Gottes in eine Wolke einhüllte.
Das Altarbild, das Maria Magdalena, Maria und Johannes unter dem Kreuz darstellt, verbindet die neue Kirche mit der alten Pfarrkirche am Horneburger Schloss. Es wurde auf Leinen gemalt nach 1925 von Joseph Gietmann. Er hatte es ursprünglich geschaffen für das Mittelfeld des Barockaltars in der alten Pfarrkirche. Anregen ließ sich Gietmann im Ausdruck von der Kreuzigung El Grecos (1541-1614). Dieser ist von der Venezianischen Renaissance und dem Manierismus geprägt.
Die Kreuzigungsdarstellung von Joseph Gietmann wurde 1998 restauriert von Willi Nitzbon. Dabei kamen die drei Engel (Putten) über dem Kreuz wieder zum Vorschein, die durch die Nachdunkelung des Bildes nicht mehr zu sehen gewesen waren. Auf dem Kreuz ist die Aufschrift INRI (Jesus von Nazareth, König der Juden). Vom Haupt des Dornengekrönten und Gekreuzigten gehen zwei Strahlenbündel aus. Links steht seine Mutter, rechts Johannes der Evangelist und unten kniet Maria Magdalena. Alle drei haben die Hände gefaltet.
An den Strebepfeilern sind die Leuchter zum Gedenken an die zwölf Apostel, die Christus, das Licht (Joh 8,12), verkündeten und mit der Frohen Botschaft die Welt erleuchteten.
Der Künstler Alexander Iwschenko aus Osnabrück baute in den Tagen vor Weihnachten des Jahres 1965 die von ihm gestalteten bunten Betonglasfenster ein.
Sie sind vor allem in den Farben blau, rot und gelb gehalten. Im Altarraum überwiegen helle Farben, die auf das Mysterium des Göttlichen Lichtes hinweisen.
Der Taufbrunnen in der Taufkapelle der Neuen Kirche in Horneburg stammt aus dem Jahre 1618: rundes, steinernes Becken mit Blattfries und Engelskopf. Haube und Fuß sind aus einer späteren Zeit.
Im Turm hängen vier Glocken, die auf das Geläut der Alten Kirche klanglich abgestimmt sind.